HUGO được thành lập vào tháng 4/1988 tại cuộc họp đầu tiên dành cho lập bản đồ bộ gen người tại Cold Spring Harbor. Các ý tưởng bắt đầu tổ chức bắt nguồn từ nhà sinh vật học Nam Phi bằng tên của Sydney Brenner, người được biết đến với những đóng góp đáng kể của mình để làm việc trên các mã di truyền và các lĩnh vực khác của sinh học phân tử, cũng như ông đã đoạt Giải Nobel Sinh lý và Y khoa vào năm 2002. Một hội đồng sáng lập đã được bầu tại cuộc họp với tổng số 42 nhà khoa học đến từ 17 quốc gia khác nhau.

HUGO có trụ sở tại Geneva, Thụy Sĩ. Sau này HUGO đã bầu bổ sung 178 thành viên, nâng tổng số lên 220 [4].